Οι χρωμοσωμικές ανωμαλίες είναι οι πιο κοινές αιτίες των σποραδικών αποβολών, αλλά συμβαίνουν λιγότερο συχνά σε γυναίκες με καθ΄ έξιν αποβολές.

Στο 3-5% των ζευγαριών, σε έναν από τους δύο γονείς, ανευρίσκεται μία ισορροπημένη χρωμοσωμική ανωμαλία, (μεταθέσεις γενετικού υλικού ανάμεσα σε χρωμοσώματα ή αναστροφές των γονιδίων μέσα στο ίδιο χρωμόσωμα) με πιο συχνές τις ισορροπημένες αμοιβαίες ή τις Robertsonian μεταθέσεις.

Όταν ένα μέλος ενός ζευγαριού φέρει μια ισορροπημένη χρωμοσωμική μετάθεση, ο κίνδυνος για αποβολή είναι περίπου διπλασιασμένος και επομένως στατιστικά σημαντικός. Τα ζευγάρια αυτά έχουν ανάγκη από γενετική συμβουλή για την πρόγνωση των επόμενων κυήσεων.